Sejumlah potensi korupsi atau fraud teridentifikasi dalam program vaksinasi Covid-19 baik yang dilakukan secara gratis maupun gotong royong. Berikut adalah sejumlah potensi permasalahan yang ada dalam program vaksinasi Covid-19:
1. Pada tahap penganggaran, terdapat potensi adanya tumpang tindih atau kekosongan anggaran antara pusat dan daerah karena belum adanya pembagian yang jelas peran pusat dan daerah.
2. Akurasi basis data yang digunakan Pemerintah belum baik dan tidak up to date. Selain itu, sesuai amanah PP No 40 Tahun 2019 pasal 30 Pemerintah seharusnya menggunakan data NIK sebagai basis data pelaksanaan vaksinasi (layanan publik)
3. Potensi permasalahan konflik kepentingan dalam penunjukan pihak ketiga yang akan diajak bekerja sama dalam pendistribusian dan penyimpanan vaksin
4. Potensi permasalahan keterbatasan jumlah vaksinator dan juga fasilitas kesehatan atau tempat pelaksanaan vaksinasi.
5. Pada program vaksin gotong royong, terdapat potensi permasalahan pendanaan dalam pengadaan, terganggunya pelaksanaan vaksin program baik dari sisi urutan antrian target prioritas, maupun ketersediaan sarana prasarana distribusi, penyimpanan dan pelaksanaan vaksinasi.