Berdasarkan rencana strategis tahun 2011-2015, KPK berfokus pada pelaksanaan tugas antara lain perbaikan sektor strategis terkait kepentingan nasional (national interest) meliputi ketahanan energi dan lingkungan (migas, pertambangan dan kehutanan) serta penerimaan negara (pajak, bea dan cukai, serta PNBP). Terkait hal tersebut, KPK melakukan Kajian Sistem Pengelolaan Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) Mineral dan Batubara pada Direktorat Jenderal Mineral dan Batubara Kementerian ESDM, Ditjen Anggaran Kementerian Keuangan, Ditjen Perdagangan Luar Negeri Kementerian Perdagangan, dan Ditjen Perhubungan Laut Kementerian Perhubungan, yang dilakukan pada  April 2012 hingga Agustus 2013.

Hasil kajian setidaknya menemukan permasalahan sistemik pada aspek regulasi, kelembagaan, dan ketatalaksanaan. Pada aspek regulasi, ditemukan permasalahan berupa ketidaksinkronan substansi aturan UU No. 20 Tahun 1997 tentang PNBP dengan sejumlah aturan perundangan lainnya. Sementara pada aspek kelembagaan, permasalahan di antaranya berupa keterbatasan struktur dan sumber daya manusia pengelola PNBP, khususnya pada Direkotorat PNBP Ditjen Anggaran Kemenkeu dan Subdit Penerimaan Negara Dit. Bina Program Ditjen Minerba KemenESDM.

Permasalahan pada aspek ketatalaksanaan ditemukan sejak tahap perencanaan, perhitungan kewajiban PNBP, penagihan kewajiban PNBP, penyetoran PNBP, penyimpanan PNBP, hingga  pembagian/penggunaan PNBP. Permasalahan tersebut di antaranya tidak akuratnya perhitungan volume dan kualitas mineral dan batubara yang menjadi dasar perhitungan kewajiban royalti, tidak tertagihkannya semua piutang negara (royalti dan iuran tetap) oleh pemerintah kepada pelaku usaha, tidak dilengkapinya bukti setor royalti dan iuran tetap (Surat Setoran Bukan Pajak) dengan informasi yang jelas tentang tujuan pembayaran dan identitas penyetor, rekonsiliasi PNBP antar-kementerian/kembaga dan antar-pemerintah daerah yang masih bersifat manual, dan sebagainya. Akibat permasalahan tersebut, PNBP dari sektor mineral dan batubara diduga mengalami kebocoran sehingga menimbulkan potensi kerugian keuangan negara dan hilangnya pendapatan negara dari PNBP mineral dan batubara.

Terhadap permasalahan-permasalahan yang ditemukan, KPK memberikan sejumlah saran/rekomendasi kepada kementerian terkait untuk selanjutnya diminta membuat rencana aksi perbaikan yang pelaksanaannya dalam waktu satu bulan akan dipantau dan diverifikasi oleh KPK. Hal ini sesuai dengan amanat Pasal 14 UU No. 30 tahun 2002 yang memberikan KPK wewenang melakukan pengkajian sistem pengelolaan administrasi di semua lembaga negara dan pemerintah. Berdasarkan hasil kajian tersebut, KPK memberikan saran kepada pimpinan lembaga negara dan pemerintah untuk melakukan perubahan jika berdasarkan hasil pengkajian, sistem pengelolaan administrasi tersebut berpotensi korupsi.